С ноября 2015 года в морском порту Поронайск появляется новый собственник – профильный холдинг «Развитие транспортных проектов». Управляющей компанией становится ООО «Порт Поронайск».

В апреле 2010 году устанавливаются границы порта, а в июле этого же года сведения о гавани включаются в Реестр морских портов Российской Федерации.

В 2003 году в результате создания единого хозяйствующего субъекта ФГУП «Росморпорт» образуется Сахалинский филиал предприятия, который приступил к хозяйственной деятельности в порту в 2004 году.Распоряжением Правительства Российской Федерации от 20 ноября 2008 г. № 1724-р подтверждается статус пункта пропуска в порту Поронайск (номер в списке 378).

В 1990 годы в рамках приватизационных процессов происходит реорганизация порта. Мощности морского порта Поронайск значительно снижаются из-за закрытия производственных предприятий региона и дефицита бюджетного финансирования.

В 1980-90 годах ежегодная перевалка грузов в порту достигает рекордных показателей — 1 млн тонн. С учетом особенностей устья реки Поронай, в котором расположены портовые мощности, большинство операций в те годы осуществляется на рейде. Основу грузооборота порта составляют лес и продукция бумажного комбината, рыбная продукция, цемент, песчано-гравийная смесь и товары народного потребления. Порт также используется для пассажирского транспортного сообщения в пределах города Поронайск.